影片核心命题，医生摸着我的花蕊是关于长姐方仪的身份认同问题，以台湾身份和美国生活经历的失衡感，来呈现这种身份的模糊不定，带给一个家庭的影响。当然，有关身份认同问题，夫妻两个人的生活、工作环境，隐喻了台海两岸错综复杂的关系，比如妻子为了两个女儿成长，虽为台湾人但寻求美国更好的成长环境，而丈夫为了生计、讨生活不得已往返两岸。小女芳安则在片中近乎没有讲一句中文，她代表了完全西化、美式台湾人。方仪控诉母亲“因为你从来没有好好生活过”，对其罹患乳癌消极悲观的生命观，表达女儿的愤恨与不满。这本身就与传统文化当中的尊师敬重的礼仪所不符，医生摸着我的花蕊因此，方仪这种文化、身份的冲突感，医生摸着我的花蕊更加强烈。而最终母女和解戏码，大概是在于父亲的引导与暗示，方仪对美国的依赖，医生摸着我的花蕊是一种现实生活的逃避。这在更大层面上，隐喻当今台湾与美国间的复杂且微妙的关系。